Священномученик Философ Орнатский родился 21 мая 1860 года на погосте Новая Ерга Череповецкого уезда Новгородской губернии в семье сельского священника. Один из его братьев был женат на племяннице святого праведного Иоанна Кронштадтского. Обучался Философ сначала в Кирилловском Духовном училище, а затем в Новгородской Духовной Семинарии. В 1885 году он со степенью кандидата богословия окончил Санкт-Петербургскую Духовную Академию. Летом 1885 года Философ вступил в брак с Еленой Заозерской и вскоре принял священство. Первоначально батюшка служил настоятелем в храме приюта принца Ольденбургского, где до этого преподавал Закон Божий. С 1892 по 1912 годы он служил настоятелем храма при Экспедиции заготовления государственных бумаг. Двадцать шесть лет являлся председателем «Общества распространения религиозно-нравственного просвещения в духе Православной Церкви», успешно противодействуя антицерковным течениям.
В 1893 году Философ был избран гласным Санкт-Петербургской городской Думы от духовенства и нёс свои полномочия до 1917 года. Он принимал участие в устройстве в городе ночлежных домов, сиротских приютов, богаделен. Его стараниями в Санкт-Петербурге и окрестностях было возведено 12 храмов, самый большой из которых — храм Воскресения Христова у Варшавского вокзала.
Сам батюшка, имея большую семью (у него было десять детей), жил очень скромно. Всё множество общественных званий и должностей, которые он нёс во славу Божию, средств к существованию не приносили. Через его руки, как Председателя комитетов по строительству храмов, проходили огромные суммы денег, а он давал частные уроки, чтобы прокормить семью.
Известен был отец Философ и как редактор и цензор таких столичных духовных журналов как «Санкт-Петербургский Духовный Вестник» (издавался с 1894 года), «Отдых христианина» (с 1901 года), «Православно-Русское слово» (с 1902 года).
Священник Философ Орнатский был одним из ближайших сподвижников священномученика митрополита Петроградского и Гдовского Вениамина (Казанского). Узы духовной дружбы связывали его и со Святейшим Патриархом Тихоном.
Почти двадцать лет отец Философ являлся духовным сыном святого праведного Иоанна Кронштадтского, который часто бывал у него дома и благословлял многие его начинания во благо Церкви. Святой пастырь доверил отцу Философу быть посредником в своей переписке со святителем Феофаном, Вышенским затворником.
В 1913 году батюшка был назначен на должность настоятеля Казанского кафедрального собора в Санкт-Петербурге. Во время 1-й Мировой войны отец Философ отдал свою квартиру под лазарет для раненых воинов, а сам с семьёй переехал в небольшое казённое помещение. Неоднократно и сам он выезжал в районы боевых действий, сопровождая транспорты с необходимыми воинам вещами и продуктами, стремясь всеми силами вдохновить и поддержать защитников Отечества.
Его сын Николай (родился в 1886 году) — военный врач, находился в составе 9-й Русской Армии; сын, Борис (родился в 1887 году), штабс-капитан 23-й артиллерийской бригады, закончивший Константиновское артиллерийское училище, геройски сражался на Австро-Венгерском фронте. Проповеднический дар отца Философа привлекал искавших живого слова, и он не раз призывал свою паству не принимать разлагающих идей большевизма, понимая, что Православие является основой русской родной жизни.
На его глазах во время революции был расстрелян муж сестры его жены, священномученик протоиерей Пётр Скипетров (память 20 января). Отец Философ при его отпевании произнёс проповедь, бесстрашно обличив большевиков. Неоднократно выступал он перед паствой с призывами к объединению вокруг храмов для защиты святынь своей земли. В январе 1918 года, когда в Лавре был убит отец Пётр Скипетров, он организовал защиту святынь Александро-Невской Лавры, устроив к ней крестные ходы со всех храмов столицы.
9 августа 1918 года священника Философа Орнатского вместе с двумя старшими сыновьями, Николаем и Борисом, арестовали. Во время ареста он был совершенно невозмутим и спокоен. Прихожане собрались в многотысячную толпу и шли по Невскому проспекту на Гороховую в Ч. К., требуя освободить своего пастыря. Делегацию верующих чекисты приняли, коварно обещая выполнить их требования. Но в ту же ночь (предположительно на 20 июля 1918 года) священника перевезли в тюрьму города Кронштадта. Предположительно около 30 октября 1918 года вместе с сыновьями и другими 30 заключёнными офицерами отца Философа повезли на расстрел. По дороге священник читал вслух отходную над приговорёнными. Место казни находилось, по одним предположениям в Кронштадте, по другим — неподалёку от Финского залива между Лигово и Ораниенбаумом. Тела расстрелянных, по-видимому, были сброшены в залив.
Протоиерей Философ Орнатский с сыновьями были причислены к лику святых Новомучеников и Исповедников Российских на Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 года для общецерковного почитания.
