Документы, касающиеся следствия, проводившегося по делу игумении Агнии (Благовещенской) хранятся в архиве УФСБ по Вологодской области в общем (групповом) деле П№13139 по обвинению Долинского Василия Ивановича и др. в 1937 году.
В деле содержится фотография игумении Агнии. Под фотографией имеется надпись, указывающее на лицо на фото: «быв. игумения Леушинского монастыря Благовещенская Анна Никитична.»
В деле имеется ордер №1569 от 27 ноября 1937 года на обыск и арест Благвоещенской Анны Никитичны по адресу Кирилловской, 34 (Л.13.).
О произведенном обыске составлен протокол (Л.14), в котором сообщается, что «на основании ордера Упр. НКВД СССР по Ленингр. области (УГБ) за №1569 от 29 ноября 1937 г. произведен обыск Кириловской в доме №34 У гражданки Благовещенской Анны Никитичны. При обыске присутствовали гр-н Марков Иван Иванович, Маркова Анна Ивановна. Согласно данным задержаны: гр-ка Благовещенская Анна Никитична для доставления Черепов. 2 отд. НКВД. Взято для доставления в Упр.НКВД СССР по Ленобласти следующее (подробная опись): 1) паспорт на имя Благовещенской Анны Никитичны ДЛД за №497957 от 11/VI-37 г.»
В деле имеется анкета арестованного (Л.15), в которой сообщается дата рождения Благовещенской Анны Никитичны: 28 ноября 1868 года, место рождения: с.Ольхово Пустынского с/с Мяксинского района. Адресом местожительства указан г. Череповец, улица Кирилловская, д. № 34. В графе «профессия и специальность» значится: «служитель культа игумения». О месте службы и должности или роде занятий говорится: «кустарь по рукоделью на дому». Также в анкете указаны паспортные данные: «Паспорт выдан Мяксинским РОМ НКВД Д.Л.Д. за №497957 от 11/VI-37 г.». В графе социальное происхождение (род занятий родителей и их имущественное положение) указано: «свое сельское хозяйство и псаломщик». В графе «Образование» значится: «окончила 3 кл. с/шк.»
О предыдущих судимостях сообщается: «В 1922 г. судилась Черепов. Н Судом 5 лет высылки. В 1926 г. судилась пост. кол. ОГПУ по 58-11».
В графе «Состав семьи» говорится: «Девица. Имею сестру Зинаиду Никитичну рожд. 1879. работает на дому кустарь, сестра Лариса Никитична….прож. с. Пустыня Мяк. р-н».
В деле имеется справка из Череповецкого городского совета от 07.12.1937 г., в которой сообщается о двух предыдущих судимостях игумении Агнии: «Проживающая в г. Череповце Благовещенская Анна Никитичная, рожд.№1868 года, урожд. с. Ольхово Пустынскаго сельсовета Мяксинского района. В прошло игуменя Леушинскаго монастыря. В 1922 году судилась Череповецким Нарсудом и осуждена на 5 лет высылки. В 1926 году судилась органами ОГПУ по ст. 58 п.10-11 и осуждена на 5 лет высылки. Лишалась избирательных прав.»
В деле имеется протокол допроса от 4 декабря 1937 года. Исходя из структруры протокола, его содержания и стиля изложения это, как и множество подобных протоколов допросов в других сфабрикованных делах, фальсификация. Судя по формулировкам ответов, приписываемых игумении, это подложный документ, составленный самими работниками НКВД. Вряд ли матушка могла выражаться такими специфическими, не свойственными ей словами. Перед нами слог речи, типичный для следователей НКВД. Например, среди показаний матушки значится: «Наша контрреволюционная группа оформилась примерно в июне 1936 г. по инициативе б. иеромонаха Долинского Василия Ивановича, который с этой целью приезжал ко мне по месту жительства в Мяксинский район, где мы с ним договорились об организации контрреволюционной группы церковников из монашествующего состава». Или: «Я Благовещенская была активной участницей контрреволюционной группы церковнинков, участвовала на нелегальных сборищах этой группы устраивающихся у меня на квартире и на квартире других участников контрреволюционной группы, где я высказывала антисоветскую клевету на коммунистов и Соввласть, высказывала пораженческие и террористические настроения». Формулировки вопросов и ответов показывает, что сценарий допроса, вопросы и ответы были точно разработаны и продуманы заранее. Например:
Вопрос: «Кто занимает руководящую роль в вашей контрреволюционной группе?»
И полный, нужный следователям ответ: «Руководящую роль в нашей контрреволюционной группе занимает б. иеромонах Долинский Вас. Ив. и я Благовещенская Анна».
Как и большинству документов в сфабрикованных делах, каким является дело игумении Агнии, не стоит слепо доверять содержанию этого, явно подложного протокола и считать ответы, указанные в протоколе, истинными ответами матушки.
Также в деле имеется обвинительное заключение от 25 декабря 1937 года.
К следственному делу приложен паспорт Благовещенской Анны Никитичны.В деле имеется выписка из протокола №12 заседания Тройки при управлении НКВД по Вологодской области от 8 декабря 1937 года, в которой говорится: «СЛУШАЛИ: Дело №589-37 г. Череповецкого ГО НКВД. 2/БЛАГОВЕЩЕНСКАЯ Анна Никитична, 1868 г.р., б. игуменя, судимая за к-р. деятельность- в том, что являлась активной участницей к-р. повстанчиской группы церковников и проводила повстанческую террористическую агитацию. ПОСТАНОВИЛИ: БЛАГОВЕЩЕНСКУЮ Анну Никитичну- РАССТРЕЛЯТЬ. Дело сдать в архив.»
Также к делу приложена справка о том, что 25 января 1938 года приговор был приведен в исполнение в городе Вологде.
В конце дела имеется заключение зам. прокурора Вологодской области от 10 апреля 1989 года о реабилитации игумении Агнии, в котором говорится, что «Благовещенская Анна Никитична подпадает под действие ст.1 Указа Президиума Верховного Совета СССР от 16 января 1989 г. «О дополнительных мерах по восстановлению справедливости в отношении жертв репрессий имевших место в период 30-40-х и начала 50-х годов».