Епархия имеет давнюю историю. Принадлежность местности, ныне входящей в Череповецкую епархию, менялась неоднократно. Первоначально она находилась в ведении ростовских архиереев. В 1657 году основная ее часть была отнесена к Вологодской епархии, а в 1788 году вошла в состав Новгородской епархии. В первой трети ХХ века Череповец сам стал епархиальным центром. В 1945 году Череповецкая епархия была упразднена и включена в состав Вологодской епархии, правящий архиерей которой стал именоваться епископом Вологодским и Череповецким. 15 октября 1964 года титул владыки был заменен на «Вологодский и Великоустюжский».
В 1990-х-2000-х годах церковная жизнь активизировалась, стали возрождаться старинные и открываться новые приходы, и 23 октября 2014 года решением Священного Синода Русской Православной Церкви Череповецкая епархия была восстановлена путём выделения ее территории из Вологодской епархии и одновременно включена в состав новообразованной Вологодской митрополии. Правящему архиерею Синод постановил иметь титул «Череповецкий и Белозерский».
На территории Череповецкой епархии издавна существовало множество обителей. Это и Череповецкий Воскресенский мужской монастырь, Воронинская Успенская Богородицкая пустынь, Гурьева Шалочская Успенская пустынь, Устюженский Благовещенский женский монастырь, Шухтовский Покровский монастырь, Спасо-Ломовский монастырь и другие. Большинство из них было упразднено в 1764 году, во время секуляризационной реформы. Другая часть обителей была закрыта в советское время. Среди них: Леушинский Иоанно-Предтеченский монастырь, Филиппо-Ирапская пустынь, Николо-Моденский монастырь, Филаретова пустынь, Парфёновский монастырь. Часть из них ныне постепенно возрождается.
Славились эти земли издревле и угодниками Божиими, святыми и подвижниками. Среди них: преподобные Афанасий и Феодосий Череповецкие, преподобный Филипп Ирапский, преподобномученик Евфросин Синозерский, преподобный Сергий Шухтовский, благоверный князь Глеб Белоезерский и другие. Это наши с вами друзья, соседи, помощники и молитвенники. Давайте же почаще общаться с ними и радовать их своим богоугодным житием.
Сегодня удивительный день. Это и день рождения епархии, когда она явилась на свет. Но это и день её восстановления, так как она существовала в этом мире и в прошлом. Этим наша епархия напоминает большое древо, которое на время заснуло, а потом вновь зазеленело, пустило свежие побеги, расцвело благоухающими цветами: новыми подвижниками и благолепными храмами.
В день рождения принято дарить подарки. Что мы – люди, составляющие сердце епархии – можем ей подарить? Свои молитвы об оставлении грехов и спасении душ людей, её составляющих, о возрождении храмов и обителей, о укреплении пастырей, о мирном житии в любви, единомыслии и чистоте, а также свои добрые дела: заботу о больных и одиноких, труды по восстановлению старинных храмов и пр. Этот день напоминает о нашем духовном и территориальном единстве, о нашей ответственности друг за друга. Этот день призывает нас стать внимательнее к ближним, протянуть руку помощи нуждающимся.
Так призовём же на помощь Господа, святых и подвижников Череповецкой епархии и отпразднуем сей славный день духовно: молитвою и делами милосердия и любви.