Мощи преподобного Филиппа Ирапского были обретены 22 года назад, 24 июля 2000 года на берегу реки Андоги рядом с Троицким собором Свято-Троицкой Филиппо-Ирапской пустыни.
Первоначально нашли фундамент придела Филиппа Ирапского, а затем во время расчистки площадки обнаружили мощи. За 500 лет сохранились не только честные останки подвижника, но и старинный, выдолбленный из ствола дерева гроб.
Мощи были обретены не сразу, только после третьей попытки. Поисковые работы сопровождались молебнами и чтением Псалтири.
На месте обретения мощей преподобного Филиппа Ирапского установили поклонный крест, перед которым ежегодно 24 июля совершают молебны.
Мощи святого после обретения были доставлены в Череповец и помещены в алтаре Воскресенского собора. 26 ноября 2000 года, накануне общецерковного празднования памяти преподобного Филиппа Ирапского, мощи святого были вынесены из алтаря для поклонения верующим.
В сам же день праздника, 27 ноября, после Божественной литургии мощи угодника Божия были с крестным ходом перенесены в восстановленную часовню преподобного Филиппа Ирапского города Череповца, что на Советском проспекте, и помещены в специально изготовленную деревянную раку, где и почивают ныне. Перед мощами святого в часовне регулярно совершаются молебны.
