Рогозина Екатерина Ивановна (так звали в миру будущую игуменью Рафаилу) родилась 24 ноября 1875 года в семье крестьянина села Шухободь Череповецкого уезда.
8 февраля 1889 году Екатерина Ивановна поступила послушницей в Каргопольский монастырь Олонецкой губернии. В 1899 году перешла во вновь устроившуюся Ладвинскую Боголюбскую общину Петрозаводского уезда, где проходила клиросное послушание и трудилась в рукодельной.
В 1905 году послушница Екатерина перешла в Парфеновский монастырь. Послушание проходила клиросное и письмоводительницы. 17 сентября 1913 года была назначена исполняющей обязанности казначеи.
11 декабря 1916 года Екатерина была пострижена в монашество в Парфеновском монастыре настоятелем Тихвинского монастыря архимандритом Антонием (Демянским).
9 января 1917 года утверждена в должности казначеи.
3 ноября 1919 года указом патриарха Тихона монахиня Рафаила была утверждена настоятельницей Парфеновского монастыря. 26 февраля 1922 года монахиня Рафаила согласно указу патриарха Тихона от 10 апреля 1921 года была возведена в сан игуменьи епископом Кирилловским Тихоном.
В советское время матушка подверглась гонениям. В 1923 году игуменья Рафаила была арестована, обвинена в «укрывательстве бандитов» и осуждена на 5 лет лишения свободы условно с испытательным сроком 10 лет по статьям 76, 36 УК РСФСР.
2 июля 1923 года в связи с приговором игуменью Рафаилу вынудили покинуть монастырь.
В 1925 году матушка вновь числилась среди сестер Парфеновского монастыря, включалась в списки лиц, лишенных избирательных прав по деревне Парфеново как игуменья, при этом в роде занятий указывалось «рукоделие».
Обитель была закрыта властями в 1929 году. После закрытия монастыря игуменья Рафаила жила в селе Холмы Череповецкого района, работала портнихой.
9 октября 1937 года матушка была арестована. В период следствия содержалась под стражей в тюрьме города Череповца.
Игуменье Рафаиле было предъявлено обвинение в участии в контрреволюционной церковно-кулацкой повстанческой группировке (групповое дело священника Василия Рябинина и др.).
10 ноября 1937 г. тройкой при УНКВД СССР по Вологодской области по ст. 58-10, 58-11 УК РСФСР матушка была приговорена к расстрелу.
В ноябре 1937 года игуменью Рафаилу расстреляли.
9 августа 1966 года матушка Рафаила была реабилитирована Президиумом Вологодского облсуда по делу 1937 года.
