Епископ Нифонт (в миру — Николай Петрович Фомин) родился в 1885 году 24 апреля по ст.ст./ 7 мая по нов.ст. в c. Липник Кирилловского уезда Череповецкой губернии в семье священника Преображенской Липникской церкви Кирилловского уезда. С 1896 года по 1900 год обучался в Кирилловском духовном училище. С 1900 года по 1906 год — получал образование в Новгородской духовной семинарии. В 1910 г. окончил Московскую духовную академию со степенью кандидата богословия, после чего поступил учителем в Богословскую школу при Соловецком монастыре.В том же году пострижен в монашество и вскоре рукоположен во иеромонаха. С 18 июля 1911 года — преподаватель Тифлисской духовной семинарии. С 10 сентября 1911 года — преподаватель Саратовской духовной семинарии. 13 апреля 1918 года хиротонисан во епископа Балашовского, викария Саратовской епархии. В 1919 г. назначен епископом Череповецким, викарием Новгородской епархии. В 1925—1927 годах — епископ Сталинградский. В 1927 году — епископ Вязниковский. С мая по сентябрь 1927 года временно управлял Владимиро-Суздальской епархией. 26 мая 1929 года снова назначен епископом Череповецким. В протоколе допроса, произведенного в ПП ОГПУ в ЛВО 14 февраля 1931 г. епископ Нифонт так раскрывает этот период своей жизни: «Находясь на покое в гор. Пензе, получил от Митрополита Сергия указ об отбытии епископом Череповецким, куда и прибыл 26 мая 1929 года. По приезде в Череповец, все по моей инициативе, а также и по приглашениям верующих, с разрешения органов власти, начал совершать поездки по епархии с целью посещения подведомственных мне приходов. Так за все время поездок посетил следующие приходы: Стефановское, Городище, Вахново — Череповецкого района, Чудь, Шухободь — Абакановского района, Ковжа, Черноезерье, Чаромское — Пришекснинского р-на, Пусторадицы — Кадуйского р-на, Петровское, Рукино, Н.Торжок, Славенка, Благовещенье — Н. Торжского района, г. Кириллов, с. Покровское, Горицы, Соров, Цыпино, Ферапонтово (20 июля 1929 г. посетил Ферапонтов монастырь — коммент. авт. Е.А. Силиной) , Взвоз — Кирилловского р-на, Короткое, Петропавловское, Пегенка — Петропавловского р-на, с. Мунское — Вашкинского р-на, Леушино — …ского р-на, г. Белозерск, Заболотье, Н.Озеро — Белозерского р-на. … В большинстве указанных выше приходах я совершал архиерейские богослужения совместно с архидиаконом Иосифом Чернышевым, который все … со мною разъезжал. Конечно, во время совершаемых мною богослужений я выступал с религиозными проповедями исключительно на евангельские темы, при этом никогда политических вопросов не касался. Также в беседах с отдельными лицами никогда ничего на политические темы не говорил и недовольства Соввластью не высказывал. К Соввласти я отношусь лояльно, подчиняюсь всем ее законам и своим положением вполне доволен. Предъявленную мне проповедь, произнесенную мною на одном из богослужений на тему о евангельском юноше, в которой я сравнивал евангельское юношество с современным юношеством продающим бога, точно не помню, говорил ли я, но выражения «продающим бога» конечно не говорил, как вообще таких выражений я не произношу. Что же касается поминовения князей за богослужениями — указываю на то, что подобные явления имелись и имеются теперь при этом понимаются святые князья в молитве литии Владимир, Александр, Даниил, Борис, Глеб и Игорь».
Проживал в г. Череповце по адресу: улица Р. Люксембург, дом 31, квартира 1 (данный адрес в протоколе обыска и ареста 04.02.1931 г.). По видимому, одновременно с Череповецкой епархией управлял Кирилловским викариатством, где в тот период не было своего епископа. 04.02.1931 г. арестован Череповецким сектором ОГПУ в Ленинградском Военном округе по обвинению в антисоветской агитации. Содержался под стражей в Череповецком Домзаке. Осужден 02.10.1931 г. Особым совещанием при Коллегии ОГПУ по ст.58-10 УК РСФСР на 3 года концлагерей. 16.10.1931 г. направлен для отбывания срока наказания в Свирские лагеря ОГПУ.