Священномученик Иоанн родился (1)8 марта 1868(1867) года в селе Владыкино Вельского уезда Вологодской губернии в семье священника Василия Знаменского. В 1882 году он окончил Белозерское духовное училище Новгородской епархии и в 1887 году был определен псаломщиком к Троицкой церкви в селе Варнакушки той же епархии.
В 1887-1898 гг. Иван Васильевич проживал в с. Варнакушка Белозерского уезда Новгородской губернии, служил псаломщиком в Троицкой церкви. В 1898 году Иван Васильевич переехал в Туркестанскую епархию и был назначен в Покровский храм в селе Покровка Пржевальского уезда. В 1898-1902 гг. проживал в с.Покровское Пржевальского уезда Семиреченской области Туркестанского края (ныне- Иссык-Кульская область, Киргизия), служил псаломщиком в Покровской церкви. В 1902 году был переведен в Георгиевский храм в село Токмак Пишпекского уезда. В 1902-1903 гг. проживал в с.Токмак Семиреченской области Туркестанского края (ныне — город в Чуйской области, Киргизия).
В 1903 году Иван Васильевич был рукоположен во священника ко храму в селе Георгиевка Пишпекского уезда и назначен законоучителем церковноприходской школы. Через год отец Иоанн был переведен в храм Михаила Архангела в станицу Голубевскую Джаркентского уезда и назначен законоучителем в церковноприходской школе станицы. В 1906 году он был переведен в село Георгиевка Пишпекского уезда. В 1906 г. был награжден набедренником, в 1910 г. — скуфьей, в 1913 г. — камилавкой. В семье о. Иоанна и его жены Анны Александровны Знаменских было 12 родных детей (Иван, Мария, Алексей, Леонид, Евдокия, Вера, Анна, Ольга, Василий, Руфина, имена остальных неизвестны) и 2 приёмных казахских ребёнка. 29 сентября 1929 г. был арестован ПП ОГПУ по Чуйскому району. Был обвинен в контрреволюционной агитации. 18 ноября 1929 г. был осужден тройкой при ПП ОГПУ Казахстана к заключению в ИТЛ на 10 лет с конфискацией имущества. 13 января 1930 г. Особым совещанием при Коллегии ОГПУ был приговорён к высылке на Урал сроком на 3 года. В 1942-1951 гг. проживал в Ташкенте у дочери Ольги, служил в храме св. благоверного кн. Александра Невского на Боткинском кладбище (возможно, под другим именем). 11 января 1951 г. (по данным дочери – 21 января) был похоронен в г. Ташкент на Боткинском кладбище. Некоторые источники ошибочно утверждают, что отец Иоанн Знаменский был расстрелян в 1923 г. в г. Талды-Кургане. По данным семьи Знаменских, о. Иоанн находился в заключении до 1942 г. В 1942 г. Виктор – внук о. Иоанна, сын его дочери Ольги – по долгу службы оказался в местах заключения своего деда. Виктор с большим трудом незаконно выкупил измождённого о. Иоанна у охранников, и ночью тайно вывез его, полуживого, в Ташкент. В ЦГА КФДЗ РК имеется фотография «Свящ. Знаменский И.В. из села Лебединовка с дочерью Ольгой, Ташкент, 1940», что может свидетельствовать о том, что о. Иоанн в 1940 г. уже проживал в Ташкенте. 16 октября 1990 г. был реабилитирован Прокуратурой Жамбылской области. 17 июля 2001 г. определением Священного Синода включён в поимённый список Собора новомучеников и исповедников Церкви Русской, представлен Алматинской епархией.