Сведения о преподобном Данииле Шужгорском крайне скудны. По данным епископа Амвросия (Орнатского), он был родом из «стран московских». Подвизался на севере Руси, где принял постриг в Корнилиевом Комельском монастыре. Преподобный Даниил покинул монастырь и продолжил уединенную подвижническую жизнь в безлюдной и лесистой местности в Белозерском крае, на горе, именовавшейся Шужгорой. Здесь святой подвижник основал свой монастырь в честь Преображения Господня. Временем основания Даниилом Шужгорского монастыря считается XVI век. Преподобный Даниил был погребен в Преображенском храме основанного им монастыря. Около 1739 года в доношении в Вологодскую духовную консисторию упоминались несвидетельствованные мощи прп. Даниила, покоившиеся в Шужгорском монастыре, к которым стекались на богомолье «разных чинов люди». В 1764 году монастырь был обращен в приход. В XIX веке мощи преподобного Даниила покоились под спудом в каменной Спасо-Преображенской церкви за правым клиросом. Один из приделов церкви, построенной в 1775 г., был посвящен прп. Даниилу Столпнику (возможно, небесному покровителю основателя монастыря). В настоящее время храм руинирован, могила преподобного не сохранилась.
