Священномученик Философ (Орнатский) родился 21 мая 1860 г. на погосте Новая Ёрга Череповецкого уезда Новгородской губернии в семье сельского священника. Обучался в Кирилловском Духовном училище, в Новгородской Духовной Семинарии. В 1885 г. он со степенью кандидата богословия окончил Санкт-Петербургскую Духовную Академию.
В 1893 г. отец Философ был избран гласным Санкт-Петербургской городской Думы от духовенства и нёс свои полномочия до 1917 года. Он принимал участие в устройстве в городе ночлежных домов, сиротских приютов, богаделен. Его стараниями в Санкт-Петербурге и окрестностях было возведено 12 храмов.
Имея большую семью (10 детей), священник жил очень скромно. Он давал частные уроки, чтобы прокормить семью.
Отец Философ являлся редактором и цензором столичных духовных журналов «Санкт-Петербургский Духовный Вестник», «Отдых христианина», «Православно-Русское слово».
Он был одним из ближайших сподвижников священномученика митрополита Петроградского и Гдовского Вениамина (Казанского). Узы духовной дружбы связывали его и со Святейшим Патриархом Тихоном.
Почти 20 лет отец Философ являлся духовным сыном святого праведного Иоанна Кронштадтского, который часто бывал у него дома и благословлял его начинания во благо Церкви.
В 1913 году отец Философ был назначен на должность настоятеля Казанского кафедрального собора в Санкт-Петербурге. Во время 1-й Мировой войны он отдал свою квартиру под лазарет для раненых воинов, а сам с семьёй переехал в небольшое казённое помещение. Неоднократно и сам он выезжал в районы боевых действий, стремясь всеми силами вдохновить и поддержать защитников Отечества.
Его сын Николай (родился в 1886 году) — военный врач, находился в составе 9-й Русской Армии; сын Борис (родился в 1887 году), штабс-капитан 23-й артиллерийской бригады, закончивший Константиновское артиллерийское училище, геройски сражался на Австро-Венгерском фронте.
Проповеднический дар батюшки привлекал искавших живого слова и он не раз призывал свою паству не принимать разлагающих идей большевизма, понимая, что Православие является основой русской родной жизни.
На его глазах во время революции был расстрелян муж сестры его жены, священномученик протоиерей Пётр Скипетров. Батюшка при его отпевании произнёс проповедь, бесстрашно обличив большевиков.
9 августа 1918 года его вместе с двумя старшими сыновьями Николаем и Борисом арестовали. Прихожане собрались в многотысячную толпу и шли по Невскому проспекту на Гороховую в ЧК, требуя освободить своего пастыря. Делегацию верующих чекисты приняли, коварно обещая выполнить их требования. Но в ту же ночь (предположительно на 20 июля 1918 года) священника перевезли в тюрьму города Кронштадт.
Предположительно около 30 октября 1918 года вместе с сыновьями и другими 30 заключёнными офицерами отца Философа повезли на расстрел. По дороге батюшка читал вслух отходную над приговорёнными. Тела расстрелянных, по-видимому, были сброшены в Финский залив.
Священник Философ Орнатский с сыновьями Борисом и Николаем были причислены к лику святых Новомучеников и Исповедников Российских на Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 года для общецерковного почитания.