Родился в 1833 году в семье крестьянина Судьбицкого прихода Череповецкого уезда (ныне Шекснинский район). Был келейником подвижника Нило-Сорской пустыни иеросхимонаха Нила.
Являлся сначала настоятелем Филиппо-Ирапской пустыни, позднее Нило-Сорской пустыни.
Подвизался в Нило-Сорском монастыре с братьями (Иоанном (будущий иеросхимонах Иоанн), Моисеем (иеродиакон Макарий) и Петром) и отцом Никитой (в монашестве Николаем).
Иоанн пришёл в Нило-Сорский монастырь в 1849 году в возрасте 19 лет. Вскоре в братство монастыря поступили три его родных брата: Глеб (в монашестве схиигумен Нил), Моисей (иеродиакон Макарий) и Петр, вместе со своим отцом Никитой (в монашестве Николаем). Эта большая крестьянская семья пришла в монастырь, когда он только начал восстанавливаться после долгого запустения.
Будучи послушником, Иоанн Судьбицкий часто ходил за сбором пожертвований на строившиеся храмы пустыни. Его редкая приветливость и доброта привлекали людей, послушнику Иоанну всегда охотно подавали. Для него же частое общение с мiром было тяжело и полно всяких испытаний. В 1865 году Иоанна постригли в монашество с именем Иосиф. С благословения настоятеля он поселился в Иоанно-Предтеченском скиту, где и прожил 20 лет совершенно одиноким и даже без обычного келейника. Через четыре года после пострига монах Иосиф был посвящён в иеромонаха, а еще через три он стал духовником всей пустыни, приняв схиму с именем Иоанн. В Предтеченском скиту иеросхимонах Иоанн насадил сад и огород, липовую рощу, возобновил вместе с монахом Илией старый пруд, ископанный, по преданию, самим преподобным Нилом Сорским. А от скита до монастыря иеросхимонах Иоанн посадил по обеим сторонам дороги берёзы. Эти деревья шумят до сих пор и образуют собой единственную улицу местечка Пустынь. Последние годы жизни подвижника прошли в Успенском скиту. Подобно своему наставнику иеросхимонаху Нилу, он прожил в скитах Нило-Сорской пустыни более 20 лет. Большим желанием иеросхимонаха Иоанна было дожить до дня прославления преподобного Серафима Саровского, к которому он имел особенную любовь и веру.
Родной брат иеросхимонаха Иоанна схиигумен Нил был предпоследним настоятелем Нило-Сорской пустыни. Схиигумен Нил долгое время был келейником иеросхимонаха Нила, а после кончины старца его выбрали настоятелем Филиппо-Ирапской пустыни.
Последние годы схиигумен Нил подвизался в скитах Нило-Сорской пустыни. Отличался духовными дарами. Преставился 27 октября 1913 года. Похоронен в скиту близ Нило-Сорской пустыни.
В статье использованы материалы сайта «Ферапонтово» — Е. Романенко. Скит преподобного Нила.
