В конце XVI века в поисках совершенного уединения и безмолвия преподобный Гурий поселился при впадении реки Шалочи в реку Мологу, в 35 верстах от Устюжны. Здесь, вдали от людских глаз, он постоянно пребывал в трудах, постах и молитве. Пустынник жил в землянке. Для усмирения плоти подвижник носил кованые вериги (металлические гнутые полосы, связанные цепями). Свет добродетельного жития отшельника не смог укрыться от местных жителей, и вскоре к пустыннику стала стекаться братия, желавшая спасаться под руководостовом богомудрого наставника. Братией были выстроены келлии и деревянная церковь в честь Успения Пресвятой Богородицы. Так постепенно образовался мужской монастырь в честь Успения Пресвятой Богородицы. Около 1603 года преподобный Гурий стал игуменом этой пустыни. Именовалась обитель — домовой Патриарший Шалаческий монастырь Гурьевой пустыни.
В 1613 году Гуриева Шалочская пустынь была разграблена и сожжена поляками (к этому времени преподобного Гурия уже не было в живых), а в 1614 году снова возобновлена. В 1614 году воеводой Иваном Урусовым было отведено место под церковь и монастырское строение.
Пустынь всегда была скудна материальными средствами, поэтому еще при патриархе Иоакиме (1674-1690 гг.) она лишилась своей самостоятельности. В конце XVII века патриарх Иоаким приписал Шалочскую пустынь к череповецкому в честь Воскресения Господня монастырю. Настоятельство в монастыре в XVII веке было игуменское, а с начала XVIII века — строительское. Страницы истории монастыря сохранили имена настоятелей обители: игумен Гурий (1603 г.), игумен Вассиан (1614 г. и 1615 г.), игумен Антоний (1635 г., 1643- 1644 гг.), игумен Ферапонт (1653 г., 1659 — 1662 гг.), строитель Авраамий (убит в январе 1672 г.), игумен Иона (1682-1685 гг.), игумен Савватий (1690-1692 гг.), игумен Филарет (1693 г.), игумен Антоний (1694 г.), строитель Иона (1699 — 1700 гг.), переведен игуменом в Воскресенский Устюженский монастырь; строитель Антоний (1703 г.), строитель Иосиф (1703-1706 гг.), строитель Симеон (1712 г.), строитель Моисей (1722 — 1724 гг.), строитель Игнатий (1725 г.), строитель Филарет (1733 г.), строитель Макарий (1743-1749 гг.).
В 1704 году пустынь была отписана Олонецкой верфи. Затем она принадлежала новгородскому архиерейскому дому.
К середине XVIII века в Шалочской пустыни действовали деревянные храмы в честь Успения Пресвятой Богородицы и во имя апостола Иоанна Богослова.
В 1764 году Шалочская пустынь была упразднена, преобразована в приход, приписанный к Николаевскому Моденскому монастырю. К данному монастырю отошло все имущество пустыни. В результет приписки к Моденскому монастырю пустынь была возрождена.
В XIX веке Шалочская пустынь была женской обителью, по-прежнему приписанной к Николаевскому Моденскому монастырю. В начале XIX века в обители действовали церкви во имя пророка Илии и святителя Димитрия Ростовского. В 1837 году деревянные храмы в бывшей Шалочской пустыни были разобраны, а на их месте тогда же построили каменную церковь в честь Успения Пресвятой Богородицы с приделами, освященными в честь Всех святых и апостола Иоанна Богослова. Под спудом церкви почивали мощи преподобного Гурия. На раке святого находилась икона с его изображением в полный рост. При раке хранился посох святого.
Также были построены новые дома для братии и богомольцев.
Пустынь на Шалочи просуществовала до конца 1930-х годов. Затем она была закрыта советской властью, а храм пустыни разрушен до основания.
В апреле 1936 года специальная комиссия вскрыла раку с мощами преподобного Гурия и составила акт, который гласил: «При вскрытии раки обнаружены грязь и мусор. Мощей в раке нет – пустая».
До наших дней от бывшей Шалочской пустыни остались только горы битого кирпича, поросшие кустарниками и деревьями. Рядом с местом бывшей пустыни установлен Поклонный крест, а невдалеке, у кладбища в деревне Староречье Устюженского района построена часовня преподобного Гурия Шалочского.
