Сведений о преподобном Данииле Шужгорском до наших дней сохранилось крайне мало. Преподобный Даниил Шужгорский родился в Московской земле в XVI веке. Он подвизался на севере Руси, где принял постриг в Комельском монастыре, основанном преподобным Корнилием Комельским в 1498 году. Преподобный Даниил покинул монастырь и продолжил уединенную подвижническую жизнь в безлюдной и лесистой местности в Белозерском крае, на горе, именовавшейся Шужгорой. Здесь святой подвижник основал свой монастырь в честь Преображения Господня. Преподобный Даниил был погребен в храме в честь Преображения Господня основанного им монастыря. Около 1739 года в доношении в Вологодскую духовную консисторию упоминались несвидетельствованные мощи преподобного Даниила, покоившиеся в Шужгорском монастыре, к которым люди стекались на богомолье. В 1764 году монастырь был обращен в приход. В XIX веке мощи преподобного Даниила покоились под спудом в каменной Спасо-Преображенской церкви за правым клиросом. Один из приделов церкви, построенной в 1775 году, был посвящен преподобному Даниилу Столпнику (возможно, небесному покровителю основателя монастыря). В настоящее время храм руинирован. Мощи святого почивают под спудом в Преображенской церкви бывшего монастыря. По данным епископа Сергия (Спасского), память преподобного Даниила Шужгорского содержалась в рукописных Кайдаловских святцах конца XVII века под 2 августа. В конце XIX века Е.Е. Голубинский поместил имя преподобного Даниила в «Списке усопших, на самом деле почитаемых». Канонизация преподобного подтверждена включением его имени в Собор Новгородских святых (празднование установлено около 1831 г., возобновлено в 1981 г.).
Память преподобного Даниила Шужгорского празднуется 21 сентября по старому стилю/4 октября по новому стилю, в Соборах Вологодских святых и Новгородских святых (Неделя 3-я по Пятидесятнице).
В Череповецком районе в деревне Ботово имеется единственный в мире храм преподобного Даниила Шужгорского. В храме регулярно совершаются богослужения.
